Una occhiata alla terza edizione del workshop di metodi filogenetici

Tra il 29 agosto e 1 settembre passati si è tenuta ad Asti la terza edizione del workshop di metodi filogenetici e comparati sponsorizzato dalla SIBE. All’edizione 2011 hanno partecipato 13 studenti provenienti dalle Università di Bari, Genova, Milano, Milano Bicocca, Napoli Federico II, Palermo, Roma Tor Vergata, e Torino. Durante i 4 giorni lezioni di docenti sia italiani che

Tra il 29 agosto e 1 settembre passati si è tenuta ad Asti la terza edizione del workshop di metodi filogenetici e comparati sponsorizzato dalla SIBE. All’edizione 2011 hanno partecipato 13 studenti provenienti dalle Università di Bari, Genova, Milano, Milano Bicocca, Napoli Federico II, Palermo, Roma Tor Vergata, e Torino. Durante i 4 giorni lezioni di docenti sia italiani che stranieri si sono alternate a tutorial durante i quali gli studenti hanno avuto la possibilità di utilizzare alcuni dei principali programmi di inferenza filogenetica e evoluzione molecolare.

Francesco Frati (Universita’ di Siena) ha aperto i lavori con una lezione di introduzione alla evoluzione molecolare, seguito da John Huelsenbeck (University of California Berkeley) che ha illustrato i concetti dase di statistica bayesiana e la loro applicazione alla filogenesi. Il secondo giorno Saverio Vicario (CNR Bari) ha tenuto una lezione sui modelli di evoluzione delle sequenze molecolari, seguita da un tutorial sull’utilizzo di programmi per selezionare i modelli per analisi filogenetiche. Brian Moore (University of California Davis) ha poi tenuto due lezioni su, rispettivamente, gli approcci pratici per stabilire quando analisi bayesiane hanno raggiunto la convergenza verso risultati affidabili, e i metodi di datazione delle filogenesi molecolari (gli orologi molecolari). Il terzo giorno Omar Rota Stabelli (National University of Ireland e Fondazione Mach, Trento) ha tenuto una lezione sull’analisi di dataset multigenici, sui bias che possono essere presenti in dataset molecolari (come long branch attraction) ed ha tenuto un tutorial sull’utilizzo del programma phylobayes. Il sottoscritto infine ha tenuto vari tutorial sull’utilizzo dei programmi Mesquite (utilizzato per costruire e manipolare matrici di caratteri morphologici e molecolari, o per manipolare alberi filogenetici), MrBayes e RAxML (programmi di inferenza filogenetica utilizzando rispettivamente metodi bayesiani e di maximum likelihood) e BEAST (datazione molecolare utilizzando metodi bayesiani).

Lo svolgimento di questa edizione del workshop è stato reso possibile dall’ottima ospitalità di Francesco Scalfari e Fabrizio Manca oltre che dal sostegno logistico del direttivo della SIBE, al quale vanno i miei ringraziamenti.

La prossima edizione del workshop si svolgerà a primavera 2012 presso il Dipartimento di Biologia dell’Università di Modena e Reggio Emilia.

Francesco Santini