Workshop teorico-pratico
Introduzione all’analisi di dati RADseq 
Dal 7 al 12 giugno 2015

Luogo
Il corso si svolgerà presso la sede del corso di laurea in Valorizzazione e tutela dell’ambiente e del territorio montano, Università degli Studi di Milano, Via Morino 8 – 25048 Edolo (BS).

Organizzazione
DIPARTIMENTO DI SCIENZE AGRARIE E AMBIENTALI – UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO DIPARTIMENTO DI BIOLOGIA E BIOTECNOLOGIE “CHARLES DARWIN” – UNIVERSITÀ DI ROMA LA SAPIENZA

Alessio De Biase, Università degli Studi di Roma “La Sapienza”, Dipartimento di Biologia e Biotecnologie “Charles Darwin”
Matteo Montagna, Università degli Studi di Milano, Dipartimento di Scienze Agrarie e Ambientali
Giuseppe Carlo Lozzia, Università degli Studi di Milano, Dipartimento di Scienze Agrarie e Ambientali

Programma

Costi
Quota di partecipazione: 90 € (la Società Italiana di Biologia Evoluzionistica mette a disposizione dei suoi iscritti un contributo alle spese di partecipazione. Dettagli disponibili su http://www.sibe-iseb.it/).

Registrazione
Il corso avrà luogo solo a raggiungimento di un numero minimo di partecipanti (15) per consentire la sostenibilità dei costi di organizzazione. La registrazione si svolgerà in due fasi con le seguenti modalità:
1) pre-registrazione via email a alessio.debiase@uniroma1.it oppure matteo.montagna@unimi.it entro il 31 marzo 2015 (indicare l’eventuale affiliazione alla SIBE)
2) registrazione definitiva e versamento della quota di partecipazione entro il 15 maggio 2015; le modalità verranno comunicate via mail ai singoli partecipanti

Prerequisiti
Durante il corso ciascun partecipante dovrà avere a disposizione un computer portatile (assicurarsi di avere privilegi di amministratore per installare software). Si assume che i partecipanti abbiano una conoscenza di base delle principali tecniche di inferenza filogenetica e di analisi nell’ambito della genetica di popolazione. Nessuna esperienza di programmazione è richiesta ma è necessario avere familiarità con l’ambiente UNIX e l’esecuzione di comandi in una shell Bash. E’ prevista una prima attività, della durata di mezza giornata, introduttiva a UNIX, shell Bash e Python language.

Il contenuto del workshop
Il sequenziamento RAD (Restriction site Associated DNA), insieme ai progressi della tecnologia di sequenziamento, sta rendendo possibile ottenere dati genomici non solo per gli organismi modello, ma anche per specie per le quali non sono disponibili informazioni genomiche. Le tecniche RADseq sono state utilizzate per la scoperta e la genotipizzazione di SNPs, mappatura di associazioni genotipo-fenotipo, mappatura di linkage, analisi QTL, analisi di ibridazione e flusso genico ed altri studi di genetica delle popolazioni. Più di recente, i dati RADseq sono stati utilizzati anche per affrontare studi filogeografici e filogenetici utilizzando informazioni provenienti da SNPs associati in “mini-contigs” ottenuti da tecniche di sequenziamento paired end. Il sequenziamento RADseq è un metodo quindi molto flessibile per studi su organismi modello e non modello. Il workshop introdurrà i partecipanti all’uso di Stacks (http://creskolab.uoregon.edu/stacks/), un software per organizzare flussi di analisi di diversi tipi di dati RADseq. Gli argomenti trattati durante il corso includono l’elaborazione di dati grezzi, l’assemblaggio delle sequenze de novo o con l’ausilio di un genoma di riferimento, l’individuazione di siti SNP e il calcolo di statistiche di base di genetica di popolazione. I partecipanti impareranno inoltre a esplorare i dati al fine di individuare tracce di fenomeni microevolutivi, e ad esportare i dati per analisi successive. Saranno discusse alcune tecniche di analisi filogenetica e filogeografica. Esercizi pratici saranno svolti su dati reali messi a disposizione dei partecipanti.