La riscoperta filogenesi dei mammiferi
Le ultime notizie su questo affascinante filone di ricerca ci arrivano da uno studio pubblicato su Proceedings of the National Academy of Sciences, nel quale si evidenza come l’attuale comprensione della storia evolutiva dei mammiferi sia basata su una visione incentrata sulle sequenze codificanti, più che sull’intero genoma. Per questo motivo lo studio si dedica alla ricerca delle relazioni filogenetiche […]
Le ultime notizie su questo affascinante filone di ricerca ci arrivano da uno studio pubblicato su Proceedings of the National Academy of Sciences, nel quale si evidenza come l’attuale comprensione della storia evolutiva dei mammiferi sia basata su una visione incentrata sulle sequenze codificanti, più che sull’intero genoma. Per questo motivo lo studio si dedica alla ricerca delle relazioni filogenetiche fra i mammiferi, analizzando diverse tipologie di materiale genetico: gli esoni, gli introni, la componente non genica e l’intera sequenza genomica, sulla base anche di studi precedenti, che evidenziano la possibilità che, in alcune regioni altamente conservate di DNA non codificante, vi siano tracce della storia evolutiva degli organismi.
I risultati mostrano che gli alberi ottenuti dalle diverse categorie di materiale genetico hanno topologie simili ed in particolare confermano il fatto che le impronte della storia evolutiva non sono ristrette solamente alle sequenze di DNA codificante, od altamente conservato, bensì si ritrovano sparpagliate lungo l’intero genoma di un organismo. Una strategia complessa e combinata di questo tipo, che utilizza sequenze provenienti dall’intero genoma e le confronta tramite il metodo FFP (Feature Frequency Profile), permette, secondo gli autori, di superare le limitazioni degli alberi costruiti sulla base di un limitato set di geni, sia per la varietà delle componenti analizzate, sia perché il metodo permette di confrontare segmenti di genoma non allineabili.
In conclusione gli autori mettono in evidenza come la comparazione dell’intero genoma possa evidenziare gli eventi di divergenza evolutiva meglio degli approcci tradizionali basati su singoli geni, poiché anche le regioni di DNA non codificante contengono informazioni filogenetiche, che raccontano una storia del tutto sovrapponibile a quella derivata dalle sequenze geniche. Un nuovo spunto, dunque, che apre la porta ad ulteriori indagini, volte ad approfondire ulteriormente la conoscenza della storia del nostro mondo.
Silvia Demergazzi
Riferimenti:
Gregory E. Sims, Se-Ran Jun, Guohong Albert Wu, Sung-Hou Kim, Whole-genome phylogeny of mammals: Evolutionary information in genic and nongenic regions, PNAS 106: 17077-17082
I risultati mostrano che gli alberi ottenuti dalle diverse categorie di materiale genetico hanno topologie simili ed in particolare confermano il fatto che le impronte della storia evolutiva non sono ristrette solamente alle sequenze di DNA codificante, od altamente conservato, bensì si ritrovano sparpagliate lungo l’intero genoma di un organismo. Una strategia complessa e combinata di questo tipo, che utilizza sequenze provenienti dall’intero genoma e le confronta tramite il metodo FFP (Feature Frequency Profile), permette, secondo gli autori, di superare le limitazioni degli alberi costruiti sulla base di un limitato set di geni, sia per la varietà delle componenti analizzate, sia perché il metodo permette di confrontare segmenti di genoma non allineabili.
In conclusione gli autori mettono in evidenza come la comparazione dell’intero genoma possa evidenziare gli eventi di divergenza evolutiva meglio degli approcci tradizionali basati su singoli geni, poiché anche le regioni di DNA non codificante contengono informazioni filogenetiche, che raccontano una storia del tutto sovrapponibile a quella derivata dalle sequenze geniche. Un nuovo spunto, dunque, che apre la porta ad ulteriori indagini, volte ad approfondire ulteriormente la conoscenza della storia del nostro mondo.
Silvia Demergazzi
Riferimenti:
Gregory E. Sims, Se-Ran Jun, Guohong Albert Wu, Sung-Hou Kim, Whole-genome phylogeny of mammals: Evolutionary information in genic and nongenic regions, PNAS 106: 17077-17082
