I ricercatori, alcuni dell’UCL Genetics Institute di Londra nel Regno Unito (che anche precedentemente avevano fatto ricerca proprio sull’argomento; Pikaia ne ha parlato qui) e altri dall’Université de la Réunion, a Sainte-Clotilde in Francia e di Oxford nel Regno Unito, hanno analizzato approfonditamente i dati genomici disponibili su SARS-CoV-2 per rintracciare, grazie alle banche dati riunite con la Global Initiative on Sharing All Influenza Data, eventuali omoplasie potenzialmente associate ad un aumento di trasmissibilità. Una omoplasia, anche detta analogia, è un tratto fenotipico che svolge in rami filogenetici diversi una stessa funzione. L’ala di un coleottero e l’ala di un gabbiano non hanno una origine evolutiva prossima ma svolgono la stessa funzione.

Per farlo hanno ideato un indicatore “ad hoc” per identificare alleli mutati riguardanti miglioramenti nella trasmissibilità, che fossero quindi sottoposti a selezione positiva. Gli autori ci ricordano che le mutazioni all’interno dei coronavirus, e in effetti in tutti i virus a RNA, possono insorgere come risultato di tre processi. In primo luogo, le mutazioni sorgono intrinsecamente come errori di copia durante la replicazione virale, un processo che in SARS-CoV-2 sembra meno rilevante rispetto ad altri virus a RNA, forse a causa del fatto che le polimerasi del coronavirus includono un meccanismo di correzione di bozze. In secondo luogo, la variabilità genomica potrebbe sorgere come risultato della ricombinazione tra due linee virali che co-infettano lo stesso organismo ospitante. Terzo, le mutazioni possono essere indotte dai sistemi di editing dell’RNA dell’ospitante, che fanno parte dell’immunità naturale.

Nella genetica delle popolazioni è ormai consolidato che le mutazioni sono in maggioranza neutrali, ma alcune risultano vantaggiose e proprio queste, a causa di una selezione positiva, diventano poi più frequenti e rappresentate. Individuare tali mutazioni vantaggiose, e in particolare quelle che impattano sulla trasmissibilità del virus, è molto difficile. Per farlo gli autori sono partiti dal presupposto che simili mutazioni fossero tra quelle emerse più volte e indipendentemente nell’albero filogenetico virale. Una mutazione che avvantaggia nella trasmissibilità infatti sarebbe di grande aiuto per un virus e, qualora comparisse pur in rami differenti dell’albero filogenetico virale, verrebbe certamente selezionata positivamente permettendo di ritrovarla in più genomi.

Gli autori concludono dunque che il SARS-CoV-2 non presenta una variabilità genomica particolare, la quale anzi si stima essere analoga a quella di molti altri virus conosciuti (tasso di mutazione di 9,8×10^-4 sostituzioni per sito, annue). In particolare i genomi delle varianti non deviano per più di 32 polimorfismi mono-nucleotidici dal genoma della variante presa come riferimento “Wuhan-Hu-1”. Fanno notare inoltre che il basso numero di mutazioni consente di considerare il virus come appartenente ad un unico lignaggio genetico. Infine, dopo aver individuato quasi duecento mutazioni sorte indipendentemente almeno tre volte, non hanno osservato nessuna significante correlazione tra queste e un aumento della trasmissibilità.

Dunque almeno per il momento per gli autori è lecito assumere che nessuna delle mutazioni ricorrenti ed indipendentemente rappresentate nelle popolazioni del virus sia associata ad una maggiore trasmissibilità. La risposta al quesito pertanto sembra essere, almeno per ora, no.


Riferimenti:
van Dorp, L., Richard, D., Tan, C.C.S. et al. No evidence for increased transmissibility from recurrent mutations in SARS-CoV-2. Nat Commun 11, 5986 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-19818-2

Immagine: CDC/ Alissa Eckert, MS; Dan Higgins, MAM, Public domain, via Wikimedia Commons